Nel giugno del 1941, quando venne lanciata la grande offensiva tedesca contro l'Unione Sovietica, le Repubbliche baltiche (Estonia, Lettonia e Lituania) furono immediatamente occupate dalla Wehrmacht. Già il 23 giugno, secondo giorno dell'"operazione Barbarossa", l'Einsatzgruppe A prese posizione in Lituania, cercando anzitutto di stabilire contatti con i gruppi armati di nazionalisti lituani di orientamento filo-tedesco. Pochi giorni dopo venne formata una milizia ausiliaria lituana, agli ordini del comando generale delle SS, formata inizialmente da 300 uomini, con a capo il giornalista nazionalista Klimaitis.

Proprio costoro, come rivela un rapporto del comandante dell'Einsatzgruppe A, Walter Stahlecker, vennero incaricati dalle SS di organizzare un massacro di Ebrei a Kovno (Kauen), in modo tale da farlo apparire come un'azione spontanea della popolazione lituana:

Sorprendentemente, non fu facile, all'inizio, scatenare là un pogrom di una certa entità. Il capo del sopracitato gruppo [di nazionalisti lituani], che in quell'occasione ebbe un ruolo di primo piano, riuscì [...] a dare inizio a un pogrom senza che si venisse a conoscenza di un qualsiasi incarico o iniziativa da parte tedesca. [cit. in Klee, Dreßen, Rieß, 1990, pp. 24-25].

In pochi giorni, vennero uccisi a Kovno circa 2800 Ebrei, senza alcun intervento moderatore né da parte delle SS, né da parte della Wehrmacht (secondo Stahlecker, anzi, il comando della Wehrmacht sarebbe stato «completamente d'accordo» con questo modo di procedere).
Anche senza voler accordare a Stahlecker piena credibilità a tale proposito, le fotografie accessibili da questa pagina mostrano in modo inequivocabile sia il modo di procedere dei nazionalisti lituani (che uccidono a bastonate gli Ebrei), sia la totale passività dei Tedeschi di fronte a tanto orrore: nella seconda e nella terza fotografia sono infatti visibili, in prima fila tra gli spettatori, soldati tedeschi della Wehrmacht, alcuni muniti di macchina fotografica, che assistono tranquillamente al massacro.

Il massacro di Kovno diede inizio a una fitta catena di massacri, compiuti secondo modalità più o meno analoghe in ogni parte della Lituania, dell'Estonia e della Lettonia. Non a caso, già nel febbraio del 1942 l'Einsatzgruppe A poteva inviare a Berlino un agghiacciante rapporto, dal quale risultava che nei Paesi Baltici la "soluzione finale" della "questione ebraica" era già giunta ad uno stadio molto avanzato.

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