Uno degli aspetti più crudeli e più odiosi della politica nazista nei confronti degli ebrei, fu il tentativo sistematico di coinvolgere gli stessi Ebrei nell'organizzazione delle diverse tappe dello sterminio. Strumenti essenziali di questa politica furono all'interno del Reich la Reichsvereinigung der Juden in Deutschland [Unione nazionale degli Ebrei di Germania] e nei territori occupati gli Judenräte ("Consigli ebraici"), la cui costituzione venne imposta dai Tedeschi in ogni località dei territori occupati nella quale esistessero delle comunità ebraiche.

Dal punto di vista formale, almeno nelle prime fasi delle persecuzioni (1935-1941), la Reichsvereinigung der Juden in Deutschland fu un organo di mediazione effettiva tra la comunità ebraica tedesca e le autorità naziste, che assecondò il processo di separazione netta tra popolazione ebraica e popolazione "ariana" che era contemplata nelle leggi razziali di Norimberga.
Gli Judenräte dei territori occupati, invece, furono sin dall'inizio resi complici dell'organizzazione pratica della concentrazione e dello sterminio.

In entrambi i casi, identificando un interlocutore istituzionale (in effetti: un "locutore subalterno", privo di reale possibilità di replica) e attribuendogli, implicitamente ed esplicitamente, una responsabilità totale circa il destino della comunità, le autorità tedesche costringevano le personalità più in vista delle comunità ebraiche a collaborare attivamente alla realizzazione della politica antisemita. Naturalmente gli organismi ebraici erano strettamente subalterni alle autorità tedesche e non possedevano reale autonomia decisionale. Per quanto riguarda gli Judenräte, lo schema dei rapporti di subordinazione era il seguente:

Tratto da: Hilberg (1987), vol. I, p. 222.

Gli Judenräte vennero costretti a svolgere un ruolo decisivo nel processo di sterminio soprattutto durante l'esperienza dei ghetti.
Agli Judenräte venne affidata dai nazisti la funzione di autogoverno dei ghetti stessi. Dal Consiglio dipendevano la polizia interna del ghetto (interamente costituita da personale ebraico), gli organismi assistenziali, il servizio sanitario. I Consigli, inoltre, erano responsabili della produttività delle industrie di interesse militare insediate nei ghetti dalle autorità tedesche.

Nei ghetti polacchi, infine, le autorità tedesche costrinsero gli Judenräte a partecipare all'organizzazione delle deportazioni verso i campi di sterminio. Il Presidente del Consiglio ebraico di Varsavia, Adam Czerniakow, che per quasi tre anni aveva pensato di poter "salvare" gli Ebrei dalle persecuzioni naziste, nell'estate del 1942, quando i Tedeschi gli chiesero di consegnare una parte considerevole degli abitanti del ghetto per deportarli verso Treblinka, preferì suicidarsi. Ciò non impedì alla polizia del ghetto, che dipendeva dallo Judenrat, di partecipare attivamente ai rastrellamenti di Ebrei da deportare.

Nel caso di Lodz, invece, il presidente dello Judenrat, Chaïm Rumkowski, che esercitava la sua autorità con durezza all'interno del ghetto e che amava farsi chiamare dagli Ebrei "re Chaïm", ordinò in prima persona alla polizia del ghetto di mettere a disposizione dei Tedeschi i contingenti di Ebrei richiesti per la deportazione e lo sterminio.Ciò non gli consentì comunque di salvarsi: nell'agosto 1944 venne caricato su uno dei vagoni dell'ultimo convoglio che lasciò Lodz alla volta di Auschwitz.