La politica di intimidazione e di violenza morale perpetrata nei confronti degli Ebrei, soprattutto in Europa orientale, dopo l'inizio della guerra, conobbe un primo salto di qualità nel febbraio 1940, quando venne istituito a Lódz, nella parte della Polonia integralmente annessa alla Germania, il primo ghetto.
Nel settembre 1940 venne istituito il ghetto di Varsavia (che fu di gran lunga il più importante e popoloso) e, dopo quella data, i ghetti proliferarono in quasi tutte le principali città dell'Europa orientale occupate dai Tedeschi: Cracovia, Lublino, Terezin (Theresienstadt), Kiev, Leopoli, Kaunas, Bialystok, Vilna, Riga, ecc..
Dal punto di vista "legale", l'istituzione dei ghetti venne giustificata dai nazisti come conseguenza della necessità di separare gli Ebrei dalla popolazione cristiana, "naturalmente ostile" (quindi come provvedimento volto alla "tutela" degli Ebrei stessi da possibili violenze delle popolazioni locali). Benché nei ghetti gli Ebrei venissero dotati di un proprio governo autonomo (Judenrat), che disponeva persino di una propria forza di polizia, la falsità di questa motivazione apparve del tutto evidente già nell'ottobre 1941, quando l'amministrazione tedesca emise un ordine che obbligava, pena la morte, gli Ebrei a risiedere nei ghetti (ciò significa che tutti gli Ebrei arrestati fuori dei ghetti potevano essere immediatamente fucilati).
In realtà, la chiusura degli Ebrei nei ghetti era da un lato l'inevitabile conseguenza della concentrazione degli Ebrei stessi nei centri urbani, che ad esempio in Polonia era stata ordinata pochi mesi dopo lo scoppio della guerra, dall'altro il tragico preludio allo sterminio nei Vernichtungsläger. Non solo: l'ordine di trasferimento nei ghetti era generalmente l'ultimo atto di una serie di vessazioni, che generalmente iniziavano con l'"arianizzazione" delle attività economiche ebraiche (ovvero con l'esproprio di tutti i beni economici appartenenti ad Ebrei) e proseguivano con l'obbligo, per gli Ebrei, di rispettare il coprifuoco speciale dalle sei del pomeriggio alle sei di mattina, con l'imposizione dapprima di indossare un bracciale giallo, poi di cucire sugli abiti una stella di David gialla come segno di riconoscimento, con la proibizione di possedere mezzi di trasporto propri (auto. biciclette, ecc.) e con il divieto di utilizzare i mezzi di trasporto pubblici.
Le condizioni di vita nei ghetti furono sin dai primi mesi molto difficili, in primo luogo perché nei ghetti vennero fatte affluire le popolazioni ebraiche rastrellate nelle campagne e nei centri minori, con un effetto di sovraffollamento che divenne insostenibile a partire già dal 1941.
A Varsavia, per esempio, nell'ottobre 1940 un quartiere della città venne svuotato di circa 80.000 Polacchi, e vi vennero trasferiti i circa 140.000 Ebrei che abitavano in altri quartieri, in aggiunta ai 220.000 che già vi abitavano: l'incremento complessivo della popolazione fu dunque circa del 75%. Nell'inverno 1940-41 circa 140.000 Ebrei rastrellati nelle campagne e nelle città più piccole del Distretto vennero obbligati a trasferirsi a loro volta nel ghetto di Varsavia. Nell'estate del 1941, nel quartiere trasformato in ghetto, entro il quale prima della guerra abitavano 300.000 persone, ne vivevano quasi 500.000.
Nell'ottobre del 1941 il perimetro del ghetto venne ridotto in seguito ad un ordine dell'amministrazione delle SS tedesche; dopo questa ulteriore vessazione, nel ghetto di Varsavia si contavano in media 7,2 abitanti per vano.
Il sovraffollamento rese i ghetti molto pericolosi, dal punto di vista igienico-sanitario, per i suoi abitanti (nel solo 1941 morirono di tifo esentematico nel ghetto di Varsavia quasi 16.000 Ebrei). Ma non era tutto. Grazie al perfetto isolamento del ghetto, ai Tedeschi era possibile controllare facilmente i vettovagliamenti, riducendo progressivamente la quantità di cibo destinata all'approvvigionamento dei negozi e delle associazioni assistenziali istituite dal Judenrat e affamando così il ghetto stesso.
I risultati della istituzione dei ghetti furono, agli occhi dei nazisti, molto soddisfacenti: nel solo biennio 1940-1942, si calcola che nel ghetto di Varsavia circa 83.000 persone morirono di fame; nel ghetto di Lódz i morti furono circa 45.000 su una popolazione massima di 200.000 Ebrei.
A ciò si aggiunga che gli Ebrei concentrati nei ghetti, affamati e debilitati dalle malattie, furono, a partire dal 1942, facili prede da deportare nei campi di sterminio: stremati dalle condizioni di vita nel ghetto, in moltissimi casi essi partirono per il loro ultimo viaggio convinti che nulla avrebbe potuto peggiorare le condizioni di vita alle quali si erano adattati nel ghetto.
